Das Museum wurde zwischen 1976 und 1982 vom Messara‑Kulturverein eingerichtet und 1988 eröffnet.
1992 wurde der Ausstellung der Preis des Europarates zugesprochen.
1992 schenkte der Messara-Kulturverein das Museum der nationalen Treuhandgesellschaft des griechischen Staates. Unter dem Namen „Museum für kretische Ethnologie“ ist es nun Teil des Griechischen Kulturministerium.
Die Ausstellung, welche auf dem museologischem Modell von G. H. Riviere basiert, präsentiert sich auf 500 m² in zwei Stockwerken. Über 2.500 Gegenstände reflektieren das traditionelle Leben auf Kreta während des zweiten Jahrtausends nach Christus.